刺客信条3的游戏名就是刺客信条3没有任何副标题，故事发生在美国独立战争时期，玩家将扮演传奇刺客康纳走上一条对抗暴政(和圣殿骑士)的道路。本作的故事以刺客组织与圣殿骑士的斗争为主线。