起源时间不同：公主从春秋战国时就出现。格格最早出自后金。

封号不同：公主的封号通常有以郡县名、以国名、以美名。顺治十七年把“格格”分为亲王之女、世子及郡王之女、多罗贝勒之女、固山贝子之女、镇国公、辅国公之女。

地位不同：清朝时公主通常为皇帝之女，只有一部分是为与满蒙联姻而册封的亲王王爷之女。“格格”专指王公贵胄之女，另外清朝亲王的低阶妾有时也被叫做格格。因此公主的地位高于格格。

公主起源

《公羊传》曰“天子嫁女子于诸侯，必使诸侯同姓者主之”，故谓之公主。西周春秋爵称，可大致分为王、公、侯、伯、子、男六级。而在王即周天子以下就是公侯伯子男五等，周天子把女儿嫁给诸侯时，不亲自主持婚礼，让同为姬姓公爵级别的诸侯主婚，这便是“公主”的由来。并且因为周王室姓姬，所以周天子的女儿也称“王姬”，《诗经·召南·何彼襛矣》就写到：“何彼襛矣，美王姬也。”此后“王姬”也成为帝王的女儿的代称。诸侯之女也称为公主，《史记·吴起列传》记载“公叔为相，尚魏公主”。