聂拉木县城最低点为中尼边境54号界桩，海拔仅为1433米；最高点为海拔8012米的世界第十四高峰——希夏邦马峰。由南至北可分为5个地貌类型区：喜马拉雅山南麓高山峡谷区、喜马拉雅高山区、佩柘错高原湖盆区、琐断陷谷区、拉轨岗日高山区。属于珠穆朗玛峰自然保护区，有雪布岗和希峰两个核心保护区。

聂拉木县以喜马拉雅山脉主脊线为界，可分为南北两大气候类型区。南区以樟木镇为主的气候特征是：气温高，雨量大，年均气温在10-20°C之间，降水量为2000-2500毫米，无霜期250天左右。北区的气候是：高寒，干旱少雨，年均气温为3.50C，县城至亚来乡降水量为1100毫米。通拉山以北4乡降水量为200毫米至300毫米，北区无霜期113天。